Dalam ayat 3 jelas sekali dikatakan bahwa Paulus selalu terbeban untuk mengingat Timotius dan pekerjaannya sebagai gembala sidang di jemaat Efesus. Ia berdoa bagi Timotius siang dan malam.

Paulus berdoa supaya Timotius mau "mengorbankan karunia Allah oleh penumpangan tangaku atasmu." Ia ingin supaya Timotius "menyalakan kembali" api Roh Kudus yang diberikan ketika ia ditahbiskan kepada pelayanan pemberitaan Injil. Ia mendorong Timotius untuk mewujudkan imannya dalam perbuatan.

Paulus berdoa sambil mengingatkan Timotius bahwa Allah memberikan kepadanya bukan roh ketakutan. Selama Kristus tinggal di dalam kita, kita tidak usah takut terhadap Iblis ataupun manusia. Sebaliknya dari ketakutan, Paulus berdoa supaya Timotius memperoleh "kekuatan"; kekuatan Roh Kudus, perlengkapan bagi pelayanannya bagi Allah.

Ia berdoa supaya Timotius dipenuhi dengan kasih - roh kasih; salah satu karunia-karunia Roh Kudus; karunia yang "melenyapkan ketakutan" (1 Yohanes 4:18). Ia berdoa supaya Timotius memiliki ketertiban, yang berarti "penguasaan diri" -- karunia yang perlu bagi orang muda.