Banyak orang menganggap Kitab Yunus sebagai alegori dan bukan sebuah fakta sejarah. Bahwa Yunus itu seorang yang benar-benar ada dibuktikan dalam 2 Raja-raja 14:25. Tuhan kita Yesus berbicara tentang Yunus sebagai seseorang yang benar-benar ada, Ia mengatakan bahwa Yunus merupakan suatu lambang dari kematian-Nya dan kebangkitan-Nya (Matius 12:39-41). Kitab ini berisi fakta, bukan khayalan.

Mengapa Yunus tidak taat terhadap Allah? Jawaban Yunus sendiri ada dalam pasal 4:2, yang merupakan ayat kunci dalam kitab ini. Karena tempat yang terbatas, maka tidak memungkinkan adanya komentar yang lengkap tentang hal ini dalam buku ini. Cukup dikatakan bahwa Yunus dan orang Israel pada saat itu tidak dapat mengerti mengapa Allah mau memberikan belas kasihan-Nya dan kasih karunia-Nya kepada bangsa-bangsa kafir yang hidup di sekitar mereka jika mereka bersedia bertobat dan terutama sekali karena bangsa-bangsa itu telah menyebabkan begitu banyak kesulitan bagi Israel.

Pesan yang terdapat dalam buku ini ialah: Allah adalah Allah baik bagi orang-orang kafir maupun bagi orang Yahudi. Hal ini menunjukkan bahwa manusia tidak dapat mengubah rencana kasih karunia Allah. Yunus merupakan lambang dari kematian dan kebangkitan Kristus dan merupakan lambang dari orang Israel yang telah gagal menjadi utusan Allah yang menyampaikan kebenaran Allah kepada orang kafir. Pesan untuk pengabaran Injil terdapat dalam buku ini.